Universal DNA methylation age across mammalian tissues

Lu, A. T.; Fei, Z.; Haghani, A.; Robeck, T. R.; Zoller, J. A.; Li, C. Z.; Lowe, R.; Yan, Q.; Zhang, J.; Vu, H.; Ablaeva, J.; Acosta-Rodriguez, V. A.; Adams, D. M.; Almunia, J.; Aloysius, A.; Ardehali, R.; Arneson, A.; Baker, C. S.; Banks, G.; Belov, K.; Bennett, N. C.; Black, P.; Blumstein, D. T.; Bors, E. K.; Breeze, C. E.; Brooke, R. T.; Brown, J. L.; Carter, G. G.; Caulton, A.; Cavin, J. M.; Chakrabarti, L.; Chatzistamou, I.; Chen, H.; Cheng, K.; Chiavellini, P.; Choi, O. W.; Clarke, S. M.; Cooper, L. N.; Cossette, M. L.; Day, J.; DeYoung, J.; DiRocco, S.; Dold, C.; Ehmke, E. E.; Emmons, C. K.; Emmrich, S.; Erbay, E.; Erlacher-Reid, C.; Faulkes, C. G.; Ferguson, S. H.; Finno, C. J.; Flower, J. E.; Gaillard, J. M.; Garde, E.; Gerber, L.; Gladyshev, V. N.; Gorbunova, V.; Goya, R. G.; Grant, M. J.; Green, C. B.; Hales, E. N.; Hanson, M. B.; Hart, D. W.; Haulena, M.; Herrick, K.; Hogan, A. N.; Hogg, C. J.; Hore, T. A.; Huang, T.; Izpisua Belmonte, J. C.; Jasinska, A. J.; Jones, G.; Jourdain, E.; Kashpur, O.; Katcher, H.; Katsumata, E.; Kaza, V.; Kiaris, H.; Kobor, M. S.; Kordowitzki, P.; Koski, W. R.; Krützen, M.; Kwon, S. B.; Larison, B.; Lee, S. G.; Lehmann, M.; Lemaitre, J. F.; Levine, A. J.; Li, C.; Li, X.; Lim, A. R.; Lin, D. T. S.; Lindemann, D. M.; Little, T. J.; Macoretta, N.; Maddox, D.; Matkin, C. O.; Mattison, J. A.; McClure, M.; Mergl, J.; Meudt, J. J.; Montano, G. A.; Mozhui, K.; Munshi-South, J.; Naderi, A.; Nagy, M.; Narayan, P.; Nathanielsz, P. W.; Nguyen, N. B.; Niehrs, C.; O’Brien, J. K.; O’Tierney Ginn, P.; Odom, D. T.; Ophir, A. G.; Osborn, S.; Ostrander, E. A.; Parsons, K. M.; Paul, K. C.; Pellegrini, M.; Peters, K. J.; Pedersen, A. B.; Petersen, J. L.; Pietersen, D. W.; Pinho, G. M.; Plassais, J.; Poganik, J. R.; Prado, N. A.; Reddy, P.; Rey, B.; Ritz, B. R.; Robbins, J.; Rodriguez, M.; Russell, J.; Rydkina, E.; Sailer, L. L.; Salmon, A. B.; Sanghavi, A.; Schachtschneider, K. M.; Schmitt, D.; Schmitt, T.; Schomacher, L.; Schook, L. B.; Sears, K. E.; Seifert, A. W.; Seluanov, A.; Shafer, A. B. A.; Shanmuganayagam, D.; Shindyapina, A. V.; Simmons, M.; Singh, K.; Sinha, I.; Slone, J.; Snell, R. G.; Soltanmaohammadi, E.; Spangler, M. L.; Spriggs, M. C.; Staggs, L.; Stedman, N.; Steinman, K. J.; Stewart, D. T.; Sugrue, V. J.; Szladovits, B.; Takahashi, J. S.; Takasugi, M.; Teeling, E. C.; Thompson, M. J.; Van Bonn, B.; Vernes, S. C.; Villar, D.; Vinters, H. V.; Wallingford, M. C.; Wang, N.; Wayne, R. K.; Wilkinson, G. S.; Williams, C. K.; Williams, R. W.; Yang, X. W.; Yao, M.; Young, B. G.; Zhang, B.; Zhang, Z.; Zhao, P.; Zhao, Y.; Zhou, W.; Zimmermann, J.; Ernst, J.; Raj, K.; Horvath, S.

doi:10.1038/s43587-023-00462-6

i

Universal DNA methylation age across mammalian tissues

Public Domain

2023
By Lu, A. T. ; Fei, Z. ; Haghani, A. ; ...

File Language:

Select the Download button to view the document

Please click the download button to view the document.

Details

Journal Title:

Nature Aging
Personal Author:

Lu, A. T. ; Fei, Z. ; Haghani, A. ; Robeck, T. R. ; Zoller, J. A. ; Li, C. Z. ; Lowe, R. ; Yan, Q. ; Zhang, J. ; Vu, H. ; Ablaeva, J. ; Acosta-Rodriguez, V. A. ; Adams, D. M. ; Almunia, J. ; Aloysius, A. ; Ardehali, R. ; Arneson, A. ; Baker, C. S. ; Banks, G. ; Belov, K. ; Bennett, N. C. ; Black, P. ; Blumstein, D. T. ; Bors, E. K. ; Breeze, C. E. ; Brooke, R. T. ; Brown, J. L. ; Carter, G. G. ; Caulton, A. ; Cavin, J. M. ; Chakrabarti, L. ; Chatzistamou, I. ; Chen, H. ; Cheng, K. ; Chiavellini, P. ; Choi, O. W. ; Clarke, S. M. ; Cooper, L. N. ; Cossette, M. L. ; Day, J. ; DeYoung, J. ; DiRocco, S. ; Dold, C. ; Ehmke, E. E. ; Emmons, C. K. ; Emmrich, S. ; Erbay, E. ; Erlacher-Reid, C. ; Faulkes, C. G. ; Ferguson, S. H. ; Finno, C. J. ; Flower, J. E. ; Gaillard, J. M. ; Garde, E. ; Gerber, L. ; Gladyshev, V. N. ; Gorbunova, V. ; Goya, R. G. ; Grant, M. J. ; Green, C. B. ; Hales, E. N. ; Hanson, M. B. ; Hart, D. W. ; Haulena, M. ; Herrick, K. ; Hogan, A. N. ; Hogg, C. J. ; Hore, T. A. ; Huang, T. ; Izpisua Belmonte, J. C. ; Jasinska, A. J. ; Jones, G. ; Jourdain, E. ; Kashpur, O. ; Katcher, H. ; Katsumata, E. ; Kaza, V. ; Kiaris, H. ; Kobor, M. S. ; Kordowitzki, P. ; Koski, W. R. ; Krützen, M. ; Kwon, S. B. ; Larison, B. ; Lee, S. G. ; Lehmann, M. ; Lemaitre, J. F. ; Levine, A. J. ; Li, C. ; Li, X. ; Lim, A. R. ; Lin, D. T. S. ; Lindemann, D. M. ; Little, T. J. ; Macoretta, N. ; Maddox, D. ; Matkin, C. O. ; Mattison, J. A. ; McClure, M. ; Mergl, J. ; Meudt, J. J. ; Montano, G. A. ; Mozhui, K. ; Munshi-South, J. ; Naderi, A. ; Nagy, M. ; Narayan, P. ; Nathanielsz, P. W. ; Nguyen, N. B. ; Niehrs, C. ; O’Brien, J. K. ; O’Tierney Ginn, P. ; Odom, D. T. ; Ophir, A. G. ; Osborn, S. ; Ostrander, E. A. ; Parsons, K. M. ; Paul, K. C. ; Pellegrini, M. ; Peters, K. J. ; Pedersen, A. B. ; Petersen, J. L. ; Pietersen, D. W. ; Pinho, G. M. ; Plassais, J. ; Poganik, J. R. ; Prado, N. A. ; Reddy, P. ; Rey, B. ; Ritz, B. R. ; Robbins, J. ; Rodriguez, M. ; Russell, J. ; Rydkina, E. ; Sailer, L. L. ; Salmon, A. B. ; Sanghavi, A. ; Schachtschneider, K. M. ; Schmitt, D. ; Schmitt, T. ; Schomacher, L. ; Schook, L. B. ; Sears, K. E. ; Seifert, A. W. ; Seluanov, A. ; Shafer, A. B. A. ; Shanmuganayagam, D. ; Shindyapina, A. V. ; Simmons, M. ; Singh, K. ; Sinha, I. ; Slone, J. ; Snell, R. G. ; Soltanmaohammadi, E. ; Spangler, M. L. ; Spriggs, M. C. ; Staggs, L. ; Stedman, N. ; Steinman, K. J. ; Stewart, D. T. ; Sugrue, V. J. ; Szladovits, B. ; Takahashi, J. S. ; Takasugi, M. ; Teeling, E. C. ; Thompson, M. J. ; Van Bonn, B. ; Vernes, S. C. ; Villar, D. ; Vinters, H. V. ; Wallingford, M. C. ; Wang, N. ; Wayne, R. K. ; Wilkinson, G. S. ; Williams, C. K. ; Williams, R. W. ; Yang, X. W. ; Yao, M. ; Young, B. G. ; Zhang, B. ; Zhang, Z. ; Zhao, P. ; Zhao, Y. ; Zhou, W. ; Zimmermann, J. ; Ernst, J. ; Raj, K. ; Horvath, S.
NOAA Program & Office:

NMFS (National Marine Fisheries Service) ; NWFSC (Northwest Fisheries Science Center)
Description:

Aging, often considered a result of random cellular damage, can be accurately estimated using DNA methylation profiles, the foundation of pan-tissue epigenetic clocks. Here, we demonstrate the development of universal pan-mammalian clocks, using 11,754 methylation arrays from our Mammalian Methylation Consortium, which encompass 59 tissue types across 185 mammalian species. These predictive models estimate mammalian tissue age with high accuracy (r > 0.96). Age deviations correlate with human mortality risk, mouse somatotropic axis mutations and caloric restriction. We identified specific cytosines with methylation levels that change with age across numerous species. These sites, highly enriched in polycomb repressive complex 2-binding locations, are near genes implicated in mammalian development, cancer, obesity and longevity. Our findings offer new evidence suggesting that aging is evolutionarily conserved and intertwined with developmental processes across all mammals.
Source:

Nature Aging, 3(9), 1144-1166
DOI:

https://doi.org/10.1038/s43587-023-00462-6
ISSN:

2662-8465
Format:

PDF
Publisher:

Springer Science and Business Media LLC
Document Type:

Journal Article
License:

https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/
Rights Information:

CC BY
Compliance:

Submitted
Main Document Checksum:

urn:sha-512:184edcbb2c4622461ddd8af6cc52c7b14fa507f2891df77b052d41eabec7104f27a9698b1cfd8d71ca78e8189307a3e886ded86a00dfc9e69960c4000cdd31e7
Download URL:

https://repository.library.noaa.gov/view/noaa/61782/noaa_61782_DS1.pdf
File Type:

[PDF - 19.40 MB ]

File Language:

ON THIS PAGE

Details

The NOAA IR serves as an archival repository of NOAA-published products including scientific findings, journal articles, guidelines, recommendations, or other information authored or co-authored by NOAA or funded partners. As a repository, the NOAA IR retains documents in their original published format to ensure public access to scientific information.